Crysis развивает основные идеи геймплея прошлой игры Crytek — Far Cry. Действие всё так же происходит в джунглях, и игрок может решить каждую поставленную задачу разными способами.
Одной из главных особенностей геймплея игры является нанокостюм, в который одет главный герой. Кроме защиты тела от ранений, нанокостюм способен распределять свою энергию для придания определённых способностей своему носителю.
В Crysis появилась возможность модифицировать оружие, изменяя его для большей эффективности боя в разных условиях. На оружие можно поставить оптические прицелы, подствольные гранатомёты, глушители, тактические фонари и прочие модификации, которые наиболее подходят под ситуацию.
Игровой искусственный интеллект (AI) врагов существенно улучшен по сравнению с Far Cry, он стал более реалистичным и правдоподобным. Вражеские солдаты постоянно используют тактические манёвры, работают в команде, скрываются и устраивают засады на местности, а также адаптируются к изменяющейся окружающей среде и условиям. Искусственный интеллект солдат также реагирует на звуки и движения, вызванные движением игрока. Пока вражеские солдаты не вовлечены в бой, они демонстрируют типичное и вполне жизненное поведение. Они курят, зевают, разговаривают, испражняются, ремонтируют машины, патрулируют местность, приветствуют вышестоящих офицеров и т. д. Иногда эти действия зависят от того, был ли игрок обнаружен ранее. Если Номад не был увиден в некоторых миссиях, он может найти врагов, спящих после его прибытия к месту назначения. Если протагонист будет замечен, поднимется тревога, и враги будут предупреждены

Сюжет в компьютерной игре «Crysis», как и в большинстве игр, можно условно разделить на две части — сюжет до игры и сюжет, развивающийся во время игры. Однако главным отличием от других игр является то, что для рядового геймера, играющего в Crysis, предыгровой сюжет будет неизвестен. Неизвестно, является ли это желанием разработчиков облегчить сюжет, или же специально его укрыть, подобно сюжету в играх серии Half-Life.
В самой игре можно собрать все сведения о предыгровом сюжете. В игровых локациях «раскидано» довольно много бумажных газетных листов. Если увеличить качество текстур в игре до максимума и присмотреться на эти листы с близкого расстояния, используя оптический прицел или бинокль, то можно отчётливо разглядеть заголовки и подзаголовки газетных статей, а также газетные иллюстрации. В домах корейцев можно найти портреты вымышленного лидера Кореи в 2020 году — Ким Чонджуля . Однако самое большое представление о сюжете дают радиопередачи, в которых канал BBC рассказывает о статусе Кореи на геополитической арене, о намерениях Соединённых Штатов относительно островов Лингшан и о деталях боевой операции американских войск по захвату острова. Радиоприёмники можно найти в разных частях игры, а также при посадке в некоторые транспортные средства.